Acvaponia este un hibrid între: hidroponie – creșterea plantelor pe apă, fără a utiliza solul, cu ajutorul îngrășămintelor chimice și acvacultura – creșterea peștilor. Cele două sub-sisteme hidroponia și acvacultura crează un sistem integrat numit sistem acvaponic.
Fară aportul acvaculturii, nu ar fi posibilă cultivarea legumelor pe apă, deoarece apa pură nu conține nutrienții necesari plantelor, respectiv nitrogen, sub forma de nitrați. Nutrienții pentru plante se afla din belșug în apa în care trăiesc peștii cu ajutorul unui sistem de recirculare și filtrare.
Vorbim de un adevărat proces de transformare a deșeurilor acvaculturii în scopuri horticole, ceea ce înseamnă că reziduurile metabolice provenite de la pești sunt transformate în nutrienți ce reprezintă principala sursă de hrană a plantelor. Acest lucru presupune creșterea și hrănirea plantelor prin tratarea excrementelor de pește printr-un filtru bio, care transformă amoniacul în nitriți, apoi în nitrați. După care, apa îmbogățită cu nitrați este redirecționată către plantele din sere. Acest proces permite reducerea deșeurilor din piscicultură și integrarea lor în alt circuit, ceea ce pune bazele unui sistem armonios și ecologic.