Producţia finală de ceapă este influenţată de modul în care se efectuează recoltarea, sortarea, calibrarea şi păstrarea.
Momentul optim de recoltare se consideră a fi atunci când treimea superioară a frunzelor s-a îngălbenit şi când acestea au tendinţa de a se apleca spre sol; când tulpina falsă (gâtul) se înmoaie, iar tunicile sunt la începutul colorării, fără fisuri sau exfolieri, închizând, prin suprapunere, zona tulpinii false. Nu se recomandă grăbirea recoltării, dar nici întârzierea ei. Nu se poate recomanda o dată calendaristică exactă a recoltării pentru că, în funcţie de tehnologia aplicată (semănat în toamnă sau primăvara devreme) şi de perioada de vegetaţie care diferă în funcţie de varietate, se recoltează la date diferite (începutul recoltării poate să fie la jumătatea lunii iunie, sau la jumătatea lunii septembrie). În faza optimă de recoltare, bulbii trebuie să se desprindă uşor din sol şi să fie înveliţi în 2-3 tunici pergamentoase. Perioada de recoltare (mai precis perioada în care bulbii trebuie să fie dislocaţi) nu trebuie să depăşească 5-6 zile în cadrul unei varietăți, timp necesar bulbilor să treacă de la faza de semiverde la faza de uscat, când operaţiunea trebuie terminată. Depăşirea momentului determină scăderea capacităţii de păstrare, defoliere la recoltare, creşterea sensibilităţii la vătămări mecanice produse în timpul recoltării şi manipulării. Este foarte importantă perioada de 5-7 zile cât bulbii sunt lăsaţi la suprafaţa solului pentru a se usca foarte bine şi pentru a-şi forma în cele mai bune condiţii învelişul exterior de protecţie (tunicile pergamentoase ale bulbului).
Recoltarea se poate realiza manual (atât dislocatul, cât şi adunatul bulbilor), semimecanizat (dislocarea se execută mecanizat, iar adunatul, manual) sau integral mecanizat. Recoltarea se va face ziua, după ce nu mai există rouă pe plante, pe timp uscat şi când solul este reavăn. Se evită recoltarea cepei pe timp ploios sau dimineaţa devreme. Bulbii de ceapă, fiind mai puţin sensibili la ofilire, se pot recolta şi în orele călduroase din timpul zilei. Uneori, după dislocarea bulbilor poate urma o perioadă cu precipitaţii abundente şi cu temperaturi mai scăzute. Aceste fenomene împiedică uscarea bulbilor de pe sol, favorizând pornirea lor în vegetaţie, ceea ce poate duce la pierderi considerabile. Pentru evitarea acestui fenomen se recomandă un tratament cu un inhibitor de creştere, aplicat înaintea începerii perioadei de repaus, când frunzele sunt încă verzi şi când plantele încă nu s-au culcat la pământ.