Toţi cei care au meri în gospodărie, cu siguranță s-au lovit de diferite boli. Printre cele mai comune boli pe care merii le pot manifesta se numără rapănul, făinarea, monilioza și focul bacterian.
Rapănul mărului putem spune că este cea mai frecventă și mai gravă boală, fiind cauzată de ciuperca Venturia inaequalis. Aceasta își face apariția încă din primăvară, atacând treptat frunzele, florile, lăstarii și mai apoi, fructele. Rapănul se identifică atât pre frunze, manifestându-se ca niște pete cenușii cât și pe fructe, sub forma unor pete rotunde maro, care pot duce la uscarea, deformarea și crăparea merelor.
Făinarea mărului este cauzată de ciuperca Podosphaera leucotricha și apare încă de la procesul de dezmugurit. Se manifestă prin apariția unui pâsle albicioasă pe suprafața frunzelor, lăstarilor, florilor si mai apoi pe fructe, caz destul de rar. Florile atacate în perioada de dezvoltare devin sterile și astfel nu mai produc fructe. Făinarea poate fi combătută prin arderea lăstarilor afectați după efectuarea toaletării de toamnă.
Monilioza este o boală care afectează inclusiv fructele în momentul în care sunt depozitate. Aceasta este produsă de ciupercile Monilinia fructigena, Monilinia laxa și Monilinia fruticola. Putregaiul apare în momentul în care fructele sunt deja coapte, boala continuând așadar să afecteze fructele și după recoltarea și depozitarea lor.
Focul bacterian este o boala cauzată de bacteria Erwinia amylovora. Această boală estte favorizată de temperaturile cuprinse între 10 și 30 de grade Celsius, precipitații și vânt. Atacul poate fi identificat imediat ce se produce înflorirea, florile uscându-se, pe lăstarii tineri, fructele mici murind iar cele mari dezvoltând pete brune sau negre.